Trên thực tế, sự e ngại đối với khái niệm “bí mật nhà nước” không chỉ độ rộng về phạm trù, mà lo lắng lớn nhất chính là sự áp dụng khái niệm này một cách tùy tiện của các cá nhân có chức, có quyền tại những cơ quan công quyền.
Một kế hoạch phát triển báo chí xuất bản, bưu chính viễn thông; một danh bạ điện thoại hay kế hoạch phòng chống lụt bão… cũng được tùy tiện đóng dấu “mật”, thậm chí còn gây ra cản trở đối với sự tiếp cận thông tin và tuyên truyền của rộng rãi người dân để cùng biết và thực hiện, chấp hành.
Trong cải cách hành chính, đặc biệt là hướng tới xây dựng chính phủ điện tử theo xu thế chính phủ số từ trung ương đến địa phương, thiết lập các thành phố thông minh, việc phân định nguồn dữ liệu mở cho người dân, doanh nghiệp có thể tiếp cận một cách tự do, cũng như những thông tin phải qua phân cấp hoặc bảo mật ở từng mức độ, cần phải rạch ròi và minh bạch. Càng phân định rạch ròi và minh bạch về dữ liệu, thông tin thì sự vận hành chính phủ điện tử hay các thành phố thông minh càng thuận tiện và thông suốt.
Một điển hình là Estonia, quốc gia đã thành công trong việc xây dựng chính phủ số, với sự minh bạch các thông tin thủ tục đăng kí kinh doanh, giúp cho thời gian hoàn tất thủ tục xin giấy phép thành lập một doanh nghiệp chỉ mất vỏn vẹn 18 phút.
Quốc gia nào cũng áp dụng khái niệm “bí mật nhà nước” đối với những dữ liệu, thông tin quan trọng đặc biệt là liên quan tới an ninh, lợi ích quốc gia. Song cũng rất nhiều nước, trong đó có Việt Nam, đã ban hành Luật Tiếp cận thông tin. Chính vì thế, khi xây dựng Luật Bảo vệ bí mật Nhà nước, càng cần phải rõ ràng về ranh giới và minh bạch về từng nội dung luật để tránh gây xung đột với Luật Tiếp cận thông tin. Và quan trọng hơn, để tránh tình trạng lạm dụng khái niệm “bí mật nhà nước” ngăn cản sự tiếp cận thông tin của cá nhân, tổ chức; và dùng dấu “mật” hay khái niệm “bí mật nhà nước” để che đậy tiêu cực.
