Theo Tổng LĐLĐVN, sau một thời gian tiến hành kiểm tra khi có dấu hiệu vi phạm, Ủy ban Kiểm tra Thành ủy TP. Hồ Chí Minh đã kết luận khuyết điểm, vi phạm của Đảng ủy Trường Đại học Tôn Đức Thắng và cá nhân đồng chí Lê Vinh Danh, Bí thư Đảng ủy, Hiệu trưởng nhà trường.
Theo đó, Đảng ủy Trường không thực hiện đầy đủ chức năng, nhiệm vụ theo Quy định số 97-QĐ/TW ngày 22.3.2004 của Ban Bí thư về chức năng, nhiệm vụ của đảng bộ, chi bộ cơ sở trong các đơn vị sự nghiệp; buông lỏng lãnh đạo, chỉ đạo, kiểm tra, giám sát việc thực hiện nhiệm vụ chính trị. Đảng ủy Trường không bàn bạc, trao đổi và không có nghị quyết lãnh đạo đối với một số chủ trương lớn liên quan đến hoạt động của Trường; để xảy ra các khuyết điểm, vi phạm về công tác cán bộ, công tác quản lý tài chính, tài sản, thực hiện dự án đầu tư, chấp hành không đầy đủ các kết luận kiểm tra, kiểm toán của cơ quan, tổ chức có thẩm quyền.
Đảng ủy Trường buông lỏng lãnh đạo, chỉ đạo, để Lãnh đạo Trường vi phạm nguyên tắc tập trung dân chủ trong việc không chấp hành các chỉ đạo của cơ quan chủ quản là Tổng LĐLĐVN; một số đồng chí đảng viên, cán bộ chủ chốt của Trường có những phát biểu không đúng, thiếu chuẩn mực, làm ảnh hưởng nghiêm trọng uy tín của Tổng LĐLĐVN; cung cấp thông tin để báo chí đăng tải chưa đúng với thực tế, phủ nhận sự đóng góp, hỗ trợ của tổ chức Công đoàn trong quá trình thành lập và phát triển của Trường, thoát ly vai trò cơ quan chủ quản của Tổng LĐLĐVN.
Ủy ban Kiểm tra Thành ủy TP. Hồ Chí Minh kết luận những khuyết điểm, vi phạm của Đảng ủy Trường có trách nhiệm của cá nhân đồng chí Lê Vinh Danh, Bí thư Đảng ủy với vai trò là người chịu trách nhiệm cao nhất về hoạt động của Đảng ủy, Đảng bộ Trường và trực tiếp phụ trách công tác tổ chức, cán bộ.
Ngoài trách nhiệm của người đứng đầu đối với những khuyết điểm, vi phạm của Đảng ủy Trường, Ủy ban Kiểm tra Thành ủy TP. Hồ Chí Minh cũng nhận thấy cá nhân đồng chí Lê Vinh Danh có khuyết điểm, vi phạm trong chỉ đạo xây dựng, ban hành quy chế làm việc và các quy chế, quy định của Trường có nội dung không đầy đủ, không bám sát quy định của Đảng, pháp luật; không tổ chức tổng kết việc thực hiện Đề án thí điểm đổi mới cơ chế hoạt động giai đoạn 2015-2017 để báo cáo các cơ quan có thẩm quyền, dẫn đến việc Trường tiếp tục thực hiện các nội dung Đề án đến năm 2019 chưa đảm bảo cơ sở pháp lý.
Với trách nhiệm là Ủy viên Ban Chấp hành Tổng LĐLĐVN, Thủ trưởng đơn vị, đồng chí Lê Vinh Danh đã chỉ đạo thực hiện chưa đúng quy định của Đảng, quy định pháp luật và quy định của Tổng LĐLĐVN, vi phạm nguyên tắc tập trung dân chủ, trực tiếp ký các văn bản thể hiện việc không chấp hành các chỉ đạo của Đảng đoàn, Đoàn Chủ tịch Tổng LĐLĐVN liên quan đến công tác tổ chức, cán bộ của Trường.
Với trách nhiệm chủ tài khoản của Trường, trực tiếp phụ trách công tác tài chính, tài sản, đồng chí Lê Vinh Danh để xảy ra các khuyết điểm, vi phạm, hạn chế, thiếu sót với giá trị lớn trong quản lý, sử dụng tài chính; quản lý, đầu tư xây dựng, mua sắm, sửa chữa, thanh lý tài sản.... Cá nhân đồng chí Lê Vinh Danh và Trường liên tục có văn bản khẳng định trong suốt quá trình hoạt động, Trường tự chủ tài chính, tự trang trải toàn bộ các khoản chi, hoàn toàn không nhận hỗ trợ từ ngân sách nhà nước và tổ chức Công đoàn là không đúng với sự hỗ trợ, tạo điều kiện của Liên đoàn Lao động TP. Hồ Chí Minh, Ủy ban nhân dân TP. Hồ Chí Minh, Tổng LĐLĐVN và Ủy ban nhân dân các tỉnh dành cho Trường; thể hiện nhận thức chưa đúng, không đảm bảo quan điểm lịch sử, toàn diện, tạo dư luận bức xúc trong cán bộ, đoàn viên công đoàn. Cá nhân đồng chí Lê Vinh Danh thiếu gương mẫu trong việc thực hiện quy định về kê khai tài sản, thu nhập; sử dụng chức danh giáo sư chưa đảm bảo quy định pháp luật hiện hành.
Ủy ban Kiểm tra Thành ủy TP. Hồ Chí Minh kết luận những hạn chế, thiếu sót, khuyết điểm, vi phạm của đồng chí Lê Vinh Danh đã gây hậu quả nghiêm trọng làm giảm sút vai trò lãnh đạo, chỉ đạo của Đảng ủy Trường, ảnh hưởng đến hoạt động của Trường, tạo dư luận không tốt, ảnh hưởng nghiêm trọng đến uy tín của Tổng LĐLĐVN, gây bất bình, bức xúc trong một bộ phận cán bộ, đảng viên và đoàn viên công đoàn, đến mức phải xem xét kỷ luật.
Hiện nay, Ủy ban Kiểm tra Thành ủy TP. Hồ Chí Minh đã thành lập Đoàn Kiểm tra xem xét, thi hành kỷ luật đối với Đảng ủy Trường Đại học Tôn Đức Thắng, đồng chí Lê Vinh Danh và các đảng viên có liên quan. Với vai trò, trách nhiệm của cơ quan chủ quản, sau khi đình chỉ chức vụ Hiệu trưởng, Tổng LĐLĐVN sẽ tiến hành xem xét, đánh giá mức độ vi phạm để thực hiện kỷ luật về mặt chính quyền đối với đồng chí Lê Vinh Danh bảo đảm công khai, minh bạch, đúng quy định của Đảng, pháp luật của Nhà nước.
