Cẩm Ly kết hôn với nhạc sĩ Minh Vy vào năm 2004 và có hai cô con gái. Sau nhiều năm đi hát, Cẩm Ly luôn nằm trong top các nữ ca sĩ được nhiều người yêu thích nhất dù cô hát thể loại nhạc trẻ hay là dân ca.
Sau thời gian nghỉ hát vì bị mất giọng, Cẩm Ly toàn tâm lo cho gia đình nhiều hơn. Cẩm Ly tự nhận là mẫu nghệ sĩ của gia đình, cô dành thời gian vun vén tổ ấm nhỏ của mình, hạn chế những buổi đi chơi, tụ tập bạn bè.
Nói về điều này, cô tiết lộ, không thích ra ngoài nhiều, khi xong công việc, thường về nhà ngay thay vì đi đâu đó. Thậm chí, không chỉ có cô mà ông xã Minh Vy cũng không thích ra ngoài nhiều, dần dà cả hai hình thành thói quen giống nhau.

Trong nhiều năm qua, ông xã Minh Vy luôn là người đứng sau hỗ trợ Cẩm Ly trong sự nghiệp ca hát. Ngoài việc sáng tác các bản hit cho nữ ca sĩ thể hiện, anh còn là chỗ dựa vững chắc của cô.
Tuy nhiên, Cẩm Ly cho biết trong gia đình dĩ nhiên có những lúc không thể ăn ý hoàn toàn, đôi lúc cũng có những lúc bất đồng quan điểm. Tuy nhiên, với Cẩm Ly đây là điều bình thường. Điều quan trọng tìm những điểm hợp lý trong câu chuyện để giải quyết mọi vấn đề.
Với cô, hạnh phúc không phải là những gì quá lớn lao mà đó là việc nhìn thấy con cái ngoan ngoãn, gia đình vui vẻ là đủ. Nguyên tắc vàng trong cuộc sống hôn nhân của cả hai chính là "đàn một dây căng thì dây kia phải chùng". Tức cả hai khi xảy ra mâu thuẫn, nếu một người nóng giận thì người kia phải dịu lại để dung hòa.
Hiện tại, hai cô con gái của Cẩm Ly đều học giỏi và ngoan ngoãn. Tuy hai cô con gái có "máu văn nghệ", nhưng hai vợ chồng vẫn không có ý định định hướng các con theo nghệ thuật mà chuyên tâm học tập tốt và có kiến thức vững vàng.