Năm 2021, cùng với ngành Đường sắt, hoạt động sản xuất kinh doanh của xí nghiệp chịu tác động nặng nề do dịch bệnh COVID-19. Có tình trạng công nhân lao động chấm dứt hợp đồng lao động, công tác tuyển dụng lao động mới khó khăn. Tuy nhiên, xí nghiệp đã có nhiều cố gắng vượt qua mọi khó khăn, thực hiện tốt kế hoạch sản xuất kinh doanh, nhiệm vụ chính trị của đơn vị. Trong đó, các chỉ tiêu vận tải đều đạt trên 101% so với kế hoạch, không để xảy ra các vụ tai nạn chạy tàu do chủ quan, thực hiện tốt công tác an toàn chạy tàu, an toàn vệ sinh lao động, không để xảy ra tai nạn lao động, thực hiện tốt công tác phòng chống bão lũ và dịch bệnh COVID-19; quan tâm thực hiện chế độ chính sách, điều kiện làm việc cho người lao động; thu nhập bình quân người lao động trên 7,7 triệu đồng/người, đạt 8,8% so với năm 2020.
Tại Hội nghị Người lao động Xí nghiệp, đại diện người lao động của xí nghiệp đã đưa ra các giải pháp nâng cao hiệu quả công tác nhằm đảm bảo an toàn chạy tàu nhằm thực hiện tốt chủ trương “Quyết liệt - Đổi mới - An toàn - Phát triển - Hoàn thành tốt nhiệm vụ được giao” của năm 2022. Các kiến nghị về thực hiện các chế độ chính sách của người lao động như giải quyết chế độ nghỉ phép, bảo hiểm xã hội, bảo hiểm thân thể cho người lao động… đã được giải đáp và xử lý giải quyết kịp thời.