Bên cạnh đó, dự án cũng góp phần chủ động kiểm soát mực nước, tăng khả năng thoát lũ, tiêu úng nhằm giảm ngập úng cho vùng trũng dọc sông Cái Lớn - Cái Bé. Vùng dự án được giới hạn phía Đông là sông Hậu, phía Tây là biển, phía Bắc là kênh Cái Sắn và phía Nam là kênh Quản Lộ - Phụng Hiệp. Dự án kiểm soát mặn cho khoảng hơn 906.000ha đất sản xuất nông nghiệp, lâm nghiệp... thuộc các tỉnh Kiên Giang, Hậu Giang, Cà Mau, Bạc Liêu, Sóc Trăng và TP.Cần Thơ.
Dự án chia 2 giai đoạn. Giai đoạn 1, xây dựng cống Cái Lớn cách cửa biển 13km, tại xã Hưng Yên (An Biên, Kiên Giang); cống Cái Bé ở xã Bình An (Châu Thành, Kiên Giang) và đê, đường giao thông, tổng mức đầu tư 3.300 tỉ đồng. Giai đoạn 2 (sau năm 2020), đầu tư các cống kiểm soát mặn tỉnh Cà Mau như: Xẻo Rô, Ông Đốc, Lương Thế Trân, ngọn Tắc Thủ và cụm công trình bờ Đông kênh Chắc Băng, sông Trẹm.
Hơn ai hết, lãnh đạo các địa phương hiểu rất rõ cần phải có hệ thống thủy lợi đồng bộ cho tiểu vùng này. Bởi các tỉnh vùng dự án đang phát triển mô hình lúa - tôm. Chính vì vậy cần điều tiết nước mặn để nuôi tôm và nước ngọt để trồng lúa ngay trong vùng. Muốn thế phải có những cống, đập lớn và hệ thống thủy lợi kèm theo. Hằng năm tỉnh Kiên Giang bỏ ra trên 100 tỉ đồng đắp đập thời vụ do mặn, ngọt đan xen. Con số này tại Bạc Liêu trên 90 tỉ đồng, Cà Mau 85 tỉ đồng, Sóc Trăng trên 50 tỉ đồng… Ấy vậy mà vẫn khó kiểm soát được mặn - ngọt đan xen.
Hệ thống thủy lợi hiện hữu chưa đáp ứng được về phòng chống thiên tai và thời tiết cực đoan như hạn hán, xâm nhập mặn, nước biển dâng, sụt lún đất... nên sản xuất bấp bênh, tranh chấp giữa các môi trường mặn/ngọt/lợ còn kéo dài, đó là thực tế tại vùng đất này. Để phục vụ cho hàng trăm nghìn hécta đất sản xuất với hàng triệu dân trong phạm vi ảnh hưởng của dự án là điều cần làm. Vì vậy, xin đừng tiếc tiền trong kiểm soát nguồn nước.
