Các bảng đấu vòng loại U21 Quốc gia 2021 sẽ được phân chia theo khu vực. Do đó, bảng A quy tụ những đội bóng khá mạnh như Hà Nội, Viettel, Công An Nhân Dân, PVF và Luxury Hạ Long.
Bảng B gồm: Nam Định, Phố Hiến, Sông Lam Nghệ An, Thanh Hóa và Thừa Thiên Huế.
Bảng C có sự hiện diện của Bình Định, Nutifood, Khánh Hòa, Quảng Nam và Đà Nẵng.
Bảng D cũng được đánh giá rất cao với những đội mạnh như Hoàng Anh Gia Lai, Bình Dương, Đắk Lắk, Đồng Nai và Nam Định.
Và cuối cùng bảng E gồm các đội An Giang, Bến Tre, Đồng Tháp, Long An và TPHCM.
Vòng loại U21 Quốc gia 2021 sẽ diễn ra trong tháng 11. Viettel đang là đương kim vô địch giải đấu này sau chiến thắng trước Sông Lam Nghệ An trong trận chung kết năm 2020 được tổ chức ở Thành phố Nha Trang (Khánh Hoà).
Trong 26 đội tham dự vòng loại, sẽ chọn ra 12 đội xuất sắc nhất lọt vào vòng chung kết. Các đội sẽ thi đấu vòng tròn 2 lượt và chọn ra 5 đội nhất bảng, 5 đội nhì bảng và 1 đội xếp thứ 3 xuất sắc nhất tham dự giải, bên cạnh đội chủ nhà (chưa xác định).
U21 Quốc gia 2021 vẫn được tổ chức đúng kế hoạch. Trước đó, do ảnh hưởng của dịch COVID-19, Liên đoàn Bóng đá Việt Nam (VFF) đã huỷ rất nhiều giải đấu như U15 Cúp Quốc gia 2021, U17 Cúp Quốc gia 2021, giải Hạng Ba Quốc gia 2021, giải vô địch futsal Nữ Quốc gia 2021 và Giải vô địch bóng đá Bãi Biển Quốc gia 2021. Thậm chí, V.League 2021 và Giải hạng Nhất 2021 cũng ngưng tổ chức giữa chừng vì dịch COVID-19.
