Tại bảng A, sau khi có được tấm vé sớm lọt vào Tứ kết, U17 PVF tiếp tục có được 3 điểm trọn vẹn sau khi đánh bại TP.HCM với tỷ số 3-0 để giữ vững vị trí đầu bảng. Các bàn thắng của đội chủ nhà được ghi do pha lập công của Dương Ngọc Sang, Nguyễn Đức Phú và Ngô Đình Lê Khánh.
Trong khi đó, U17 NutiFood cũng có được chiến thắng dễ dàng 4-1 trước U17 Hallmen TP.HCM để ghi tên vào vòng Tứ kết với tư cách đội nhì bảng A.
Bảng B dễ thở hơn khi U17 Viettel và U17 SHB Đà Nẵng đã sớm lọt vào vòng trong và kết quả của cuộc đối đầu giữa họ chỉ mang tính chất thủ tục. Dù vậy, Viettel vẫn khẳng định sức mạnh của mình bằng chiến thắng 1-0 trước đội bóng sông Hàn.
Ở trận đấu còn lại, U17 Sài Gòn và U17 Tây Ninh hoà nhau với tỷ số 0-0, qua đó chính thức dừng bước tại vòng chung kết U17 Cúp quốc gia 2020. 2 lượt trận muộn nhất tại bảng C là cuộc chạm trán giữa U17 Bình Dương và U17 Hoàng Anh Gia Lai (HAGL).
Dù bị đối thủ dẫn trước 2 bàn thắng nhưng các cầu thủ phố Núi đã kịp gỡ hoà trước khi trận đấu kết thúc. Với kết quả hoà 2-2, U17 HAGL giữ vững vị trí nhất bảng C với còn U17 Bình Dương xếp thứ 3.
Trận đấu cùng giờ, U17 Hà Nội không quá khó khăn để giành chiến thắng 2-0 trước U17 Long An, qua đó lọt vào tứ kết để tiếp tục hành trình tại U17 Cúp quốc gia 2020.
Dựa theo kết quả chung cuộc của các đội bóng xếp thứ 3, hai đại diện cuối cùng lách qua khe cửa hẹp để ghi tên vào vòng tứ kết U17 Cúp quốc gia là U17 Bình Dương (4 điểm) và U17 Hallmen TP.HCM (3 điểm).
8 đội bóng giành vé vào Tứ kết U17 Cúp quốc gia 2020: PVF, NutiFood, Hallmen TP.HCM, Viettel, SHB Đà Nẵng, HAGL, Hà Nội, Bình Dương.
