Trước khi giải hạng Nhì Quốc gia 2019 khởi tranh, CLB Bến Tre đã gặp nhiều vấn đề khó khăn. Đặc biệt, sự cố trong trận giao hữu giữa Bến Tre và Vĩnh Long diễn ra vào ngày 26.4, một số cầu thủ trong đội không giữ được bình tĩnh và có hành vi bạo lực với cầu thủ đội khách. Trước đó, cầu thủ Bến Tre cũng có hành vi bạo lực trong một trận giao hữu khác, điều này gây ảnh hưởng đến hình ảnh của đội bóng.
VFF đã có các cuộc trao đổi, làm việc với lãnh đạo địa phương và lãnh đạo Bến Tre về khả năng tham dự giải của đội cũng như phối hợp tìm hướng tháo gỡ các vấn đề khó khăn, vướng mắc để có điều kiện tham gia thi đấu.
Tuy nhiên, cho đến thời điểm giải đấu chuẩn bị khởi tranh, Bến Tre vẫn chưa thể hoàn thiện được đầy đủ các điều kiện cần thiết nên sẽ không được tham dự Giải hạng Nhì Quốc gia 2019. Vào chiều ngày 8.5 LĐBĐ Bến Tre gửi văn bản chính thức đến VFF để xác nhận các vấn đề tồn đọng chưa kịp tháo gỡ và xin đăng ký cho Bến Tre xuống tham dự giải hạng Ba mùa bóng 2019.
Lý do được CLB đưa ra là do nhà tài trợ rút lui khiến đội bóng không có kinh phí tham dự. Đây có thể xem là điều rất đáng tiếc đối với Bến Tre cũng như đông đảo người hâm mộ bóng đá xứ dừa.
Như vậy, Giải hạng Nhì Quốc gia 2019 sẽ có sự tham dự của 13 đội và được chia thành 2 bảng theo khu vực địa lý. Bảng A gồm: Công an Nhân dân, Trẻ Hà Nội, Nam Định, Trẻ SHB Đà Nẵng, Kon Tum, Lâm Đồng và Fisshan Khánh Hòa. Bảng B có Bình Thuận, Gia Định, Bà Rịa - Vũng Tàu, Long An, Tiền Giang, và Vĩnh Long. Lịch thi đấu tại Bảng B vẫn giữ nguyên như đã ban hành và chỉ không có các trận đấu có sự tham dự của Bến Tre.
Các đội sẽ đá vòng tròn theo thể thức lượt đi và lượt về (sân khách và sân nhà) để tính điểm, xếp hạng. Hai đội có thứ hạng cao nhất tại mỗi bảng sẽ tham dự VCK. Một đội có điểm, chỉ số phụ thấp nhất trong 2 bảng sẽ phải xuống hạng.
Tại VCK, 4 đội sẽ được chia thành 2 cặp đấu bán kết (nhất bảng A gặp nhì bảng B và nhất bảng B gặp nhì bảng A). Hai đội thắng bán kết tiếp tục gặp nhau trong trận chung kết. Đội thắng trận chung kết xếp hạng Nhất và giành suất thăng hạng duy nhất lên thi đấu tại giải hạng Nhất Quốc gia 2020.
Theo kế hoạch lượt đi vòng loại diễn ra từ 11.5 đến 10.6, lượt về từ 10.7 đến 9.8. Vòng chung kết sẽ đá từ 16.8 đến 19.8.2019.
