Tháng 9.2014, lần đầu tiên HLV Nguyễn Đức Thắng được bổ nhiệm ngồi vào ghế HLV trưởng CLB Hà Nội (tiền thân của CLB Sài Gòn thời điểm này). Ngay ở lần đầu cầm quân ở môi trường bóng đá chuyên nghiệp, HLV Đức Thắng đã giúp đội bóng non trẻ vô địch giải hạng Nhất và giành quyền lên chơi ở V.League 2016, trước khi chuyển khẩu vào TPHCM đóng quân và đổi tên thành CLB Sài Gòn.
Mùa bóng 2016, mặc dù là tân binh nhưng CLB Sài Gòn vẫn đủ sức mang đến nhiều ngạc nhiên, đứng thứ 7/14 chung cuộc với 36 điểm. Đến V.League 2017, CLB Sài Gòn đứng thứ 5 với 43 điểm, bằng điểm và có hiệu số bàn thắng/bại cao hơn đội đứng thứ 4 là Than Quảng Ninh nhưng phải xếp dưới do kém kết quả đối đầu trực tiếp.
Kết thúc mùa giải 2017, HLV Đức Thắng cũng hết hợp đồng với CLB Sài Gòn và khi đội bóng thay đổi với sự xuất hiện của Chủ tịch Trần Tiến Đại thì ông thầy trẻ này quyết định chia tay. Nguyên nhân xuất phát từ những bất đồng quan điểm cũng như những quyết định chuyên môn ở đội bóng. Dưới sự dẫn dắt của HLV Đức Thắng, CLB Sài Gòn có lối chơi nhỏ, nhuyễn và rất sắc sảo với chiến thuật phòng ngự phản công, được đánh giá là thuộc loại hàng đầu của V.League cho dù lực lượng không có nhiều cầu thủ tên tuổi.
Đang giúp Thanh Hóa lấy lại phong độ và vươn lên nhóm trên của BXH V.League 2019 sau giai đoạn lượt đi, bất ngờ HLV Nguyễn Đức Thắng có nguyện vọng xin từ chức và được lãnh đạo đội bóng xứ Thanh chấp thuận. Dù đối mặt với nhiều khó khăn, Thanh Hóa vẫn chơi rất ấn tượng với chuỗi thành tích bất bại 8 trận. Từ chỗ ứng cử viên xuống hạng, họ leo một mạch lên vị trí thứ 5 của BXH. Ngoài hiệu ứng đến từ sự trở lại của của bầu Đệ với hiểu biết, kinh nghiệm cùng cách làm rất “rắn mặt” thì không thể phủ nhận tài cầm quân của HLV Nguyễn Đức Thắng.
Trước mùa giải 2019, cùng với việc Tập đoàn FLC rút lui thì hàng loạt trụ cột như Trọng Hoàng, Omar, Hoàng Thịnh, Văn Bình, Vũ Minh Tuấn, Bùi Tiến Dũng… cũng ra đi. Không có tiền để giữ quân, không lấy được người mới về nhưng HLV Nguyễn Đức Thắng vẫn có cách “liệu cơm, gắp mắm” để tạo dựng một lối chơi rất khó chịu cho đội bóng xứ Thanh. Bất chấp việc đội bóng khởi động mùa giải chật vật, Thanh Hóa vẫn có kết quả tốt, leo lên nhóm trên của BXH V.League 2019. Trong đó, HLV Đức Thắng để lại dấu ấn đậm nét trong chiến thắng 4-1 trước “ĐTQG thu nhỏ” là CLB Hà Nội trên sân nhà, làm nức lòng đông đảo người hâm mộ xứ Thanh.
Nói về lý do chia tay Thanh Hóa dù đang cùng đội bóng chơi rất thăng hoa, HLV Nguyễn Đức Thắng chỉ nói đơn giản là không thể tiếp tục hợp tác thì xin nghỉ. Được biết, nguyên nhân chính của việc đệ đơn từ chức là do giữa ông thầy này và lãnh đạo lâu nay nảy sinh những mâu thuẫn. Đội gặp khó khi không còn FLC “chống lưng”, ông Thắng lại không đồng nhất quan điểm với lãnh đạo trong vấn đề chuyên môn, lực lượng nhân sự trước khi bước vào giai đoạn lượt về của V.League. Nếu như bầu Đệ muốn kiểm soát lại đội bóng, có quyền nắm bắt và can thiệp vào mọi thứ đặc biệt là việc chuyển nhượng cầu thủ thì HLV Đức Thắng yêu cầu quyền tự chủ trong nhiều quyết định.
Ngay sau khi ông Thắng nghỉ, chiều qua (1.7), ông thầy từng có thời gian dẫn dắt Thanh Hóa mùa 2014/2015 là HLV Vũ Quang Bảo đã có mặt để tiếp quản công việc. Trọng trách với ông Bảo là rất lớn, khi đội bóng xứ Thanh sau khi chia tay FLC không còn là “đại gia” mà quay về với tình cảnh con nhà nghèo.
