Trước giai đoạn 2 V.League, TP.HCM xác nhận Công Phượng gặp chấn thương ngón chân phải nghỉ thi đấu. Dù đội bóng này không tiết lộ việc Công Phượng phải nghỉ bao lâu, song nhiều khả năng không kịp bình phục trước khi V.League 2020 kết thúc.
Trong thời gian nghỉ thi đấu để điều trị chấn thương, Công Phượng bất ngờ nhận tin vui khi giành trọn giải thưởng cá nhân tháng 7 và tháng 9 (tháng 8 nghỉ thi đấu) tại V.League với danh hiệu Cầu thủ xuất sắc nhất và Bàn thắng đẹp nhất.
Trở về thi đấu tại V.League 2020 trong màu áo TP.HCM, Công Phượng đã có những màn trình diễn khá ổn định. Tiền đạo xứ Nghệ trở thành cầu thủ nội ghi bàn nhiều nhất đến thời điểm hiện tại với 6 bàn thắng và 3 kiến tạo thành bàn. Ngoài ra, Công Phượng cũng đóng góp rất nhiều trong lối chơi của TP.HCM, giúp đội bóng này góp mặt ở Top 4 cuộc đua vô địch ở mùa giải năm nay.
Bên cạnh đó, pha lập công của Công Phượng trong chiến thắng 5-1 của TP.HCM trước Nam Định ở vòng 12 V.League cũng được bình chọn là bàn thắng đẹp nhất tháng 7 và tháng 9. Theo đó, chân sút sinh năm 1995 có tình huống cầm bóng xâm nhập vào vòng cấm trước khi tung ra cú sút đẹp mắt hạ gục thủ môn Nam Định.
Ngoài 2 danh hiệu cá nhân của Công Phượng, Sài Gòn là đội bóng nhận giải thưởng Câu lạc bộ xuất sắc nhất tháng 7 và tháng 9 với thành tích vô địch lượt đi V.League. Huấn luyện viên Vũ Tiến Thành cũng được xướng tên ở hạng mục Huấn luyện viên xuất sắc nhất.
