Filip Nguyễn từng được gọi lên tuyển CH Czech ở 3 đợt tập trung cuối năm 2020, nhưng chưa được thi đấu lần nào. Anh cũng không có tên dự EURO 2020. Tuy nhiên, thủ môn sinh năm 1992 vẫn là cái tên được huấn luyện viên Silhavy chú ý, nhờ thể hiện phong độ khi chuyển sang khoác áo câu lạc bộ Slovacko.
Theo lịch, tuyển CH Czech sẽ hội quân vào hôm 31.8 tại Thủ đô Praha. Một ngày sau đó, Filip Nguyễn cùng đồng đội sẽ di chuyển bằng tàu hỏa đến Ostrava, để chuẩn bị cho trận đấu gặp Belarus tại vòng loại World Cup 2022. Sau đó 3 ngày, CH Czech sẽ gặp tuyển Bỉ. Ngày 8.9, tuyển CH Czech sẽ có trận giao hữu với tuyển Ukraine.
Tại vòng loại World Cup 2022 khu vực Châu Âu, tuyển CH Czech đang tạm đứng thứ 2 tại bảng E với 4 điểm/3 trận, xếp sau tuyển Bỉ (7 điểm). Hai trận vòng loại World Cup 2022 sắp tới mang đến cho tuyển CH Czech nhiều thử thách khi một loạt các cầu thủ trụ cột vào đến tứ kết EURO 2020 đã vắng mặt như: Pavlenka, Čelůstka, Kadeřábek, Masopust, Ševčík, Krmenčík, Pekhart… Ngoài ra, tiền đạo số 1 Patrick Schik – người đã ghi đến 5 bàn tại EURO 2020 cũng không thể thi đấu do án treo giò.
Với việc gặp quá nhiều bất lợi về lực lượng, huấn luyện viên Silhavy cho biết có thể trao cơ hội ra sân cho nhiều cầu thủ, đặc biệt ở trận giao hữu hôm 8.9 với Ukraine. Ông chia sẻ trên tờ Idnes: "Chúng tôi sẽ thực hiện một số thay đổi trong đội trước trận đấu cuối cùng, chúng tôi muốn chia khối lượng công việc cho nhiều cầu thủ hơn".
Khả năng Filip Nguyễn cạnh tranh với thủ môn số Tomas Vaclik và Ondrej Kolar ở 2 trận vòng loại World Cup rất khó. Tuy nhiên ở trận giao hữu với Ukraine, thủ môn gốc Việt có thể được tạo cơ hội để ra sân.
