Dù đã về với Chúa nhưng nguyên nhân cái chết của huyền thoại Maradona vẫn còn đang trong diện điều tra. Nhiều điểm nghi vấn lộ ra, dần phủ định kết luận trước đó rằng "Cậu bé vàng" qua đời vì tuổi cao, sức yếu và nhiều tiền sử bệnh.
Y tá riêng của Maradona - Gisela Madrid đã bị tố gian dối trong việc kê khai quá trình chăm sóc. Cụ thể, nữ y tá này khai nhận cố huyền thoại vẫn thở bình thường vào lúc 6h30 sáng thứ Tư (25.11), đến lúc 7h30 sáng ông dậy và ăn sáng. Quan trọng nhất, Gisela Madrid tiết lộ đã cố gắng đo huyết áp, kiểm tra tim mạch cho Maradona vào lúc 9h30 sáng hôm đó, nhưng bị từ chối. Tuy nhiên, các nguồn tin đều khẳng định lời khai này là dối trá, nữ y tá đã bỏ mặc Maradona.
Tại cơ quan công tố ở Argentina, luật sư Attorney Rodolfo Baque của Gisela Madrid lại tiết lộ thêm một tình tiết đáng chú ý khác: "Maradona đã bị ngã đập đầu ít ngày trước khi qua đời. Tuy nhiên, đội ngũ y tế lại không đưa ông đi khám bệnh viện, chụp MRI hay chụp CT gì cả".
Baque còn khẳng định, Maradona đã rất yếu sau cú ngã nói trên và không thể tự quyết định điều gì, ông không nhận được sự trông nom cần thiết suốt 3 ngày trước khi qua đời.
Cái chết của "Cậu bé vàng" vẫn còn nhiều điểm nghi vấn chưa được làm rõ. Dù cậu cháu trai sống cùng Maradona đã khẳng định cố huyền thoại có dậy ăn sáng hôm thứ Tư, thế nhưng kết quả điều tra cho thấy ông không hề thức dậy. Đáng chú ý, cảnh sát đã tìm thấy một chiếc bánh sandwich vẫn còn nguyên vẹn, ở phía dưới giường ngủ của ông.
Hôm 28.11, tức 3 ngày sau khi Maradona qua đời, luật sư thân tín là Matias Morla đã lên tiếng tố cáo các bác sĩ "phạm tội tắc trách", khi để mặc huyền thoại người Argentina gần 12 giờ khiến ông qua đời vì đau tim. Theo Morlam, xe cấp cứu đã đến chậm một cách bất thường.
Cảnh sát Buenos Aires cũng đã bất ngờ mở cuộc đột kích, khám xét đồng loạt nhà riêng và phòng khám tư của bác sĩLeopoldo Luque nhằm tìm ra nguyên nhân cái chết của Maradona. Theo báo cáo, họ tạm thu giữ máy tính, điện thoại và một số tài liệu cá nhân của bác sỹ Luque để phục vụ công tác điều tra.