Theo Thanh tra Chính phủ, tỉnh Ninh Thuận quản lý quỹ đất công ích (Phan Rang - Tháp Chàm và huyện Ninh Hải) không chặt chẽ, dẫn đến việc sử dụng mục đích theo quy định tại khoản 2, Điều 132, Luật Đất đai 2013.
Nhiều địa phương của tỉnh Ninh Thuận cho thuê đất nông nghiệp không qua đấu giá theo quy định, cấp giấy chứng nhận quyền sử dụng đất trên đất công ích như huyện Thuận Bắc, sử dụng đất công ích sản xuất nông nghiệp nhưng không ký hợp đồng thuê đất như huyện Thuận Nam.
Một số hồ sơ xác định giá đất cụ thể để giao đất, cho thuê đất áp dụng không đúng quy định của pháp luật về phương pháp xác định giá đất, cần phải rà soát, xác định lại theo quy định. Việc đôn đốc thực hiện nghĩa vụ tài chính đất đai chưa thường xuyên, kịp thời, đến thời điểm thanh tra (30.6.2019) số tiền còn phải thu là 27,415 tỉ đồng. Tỉnh Ninh Thuận cũng chưa có kế hoạch, phương án cụ thể để khai thác quỹ đất đã thu hồi (của các dự án có vi phạm) theo đúng quy định của pháp luật, có những khu đất thu hồi từ năm 2015 hiện vẫn để trống.
Tại một số dự án, việc đưa đất vào sử dụng còn chậm, do vướng mắc công tác giải phóng mặt bằng, diện tích đất được bàn giao cũng như hạ tầng đấu nối cấp nước, cấp điện không đồng bộ...
Một số dự án do năng lực của nhà đầu tư còn hạn chế, có vi phạm trong việc chuyển đổi mục đích sử dụng đất và quản lý rừng (dự án Khu vui chơi và trồng rừng phòng hộ ven biển), chồng lấn quy hoạch thăm dò, khai thác chế biến Titan và diện tích đất rừng, vi phạm trật tự xây dựng... dẫn đến chậm tiến độ đầu tư, hiệu quả đầu tư thấp.
Việc quản lý, sử dụng đất đai tại các khu công nghiệp, cụm công nghiệp còn hạn chế. Cụ thể, tỉ lệ lấy đầy tại các khu công nghiệp, cụm công nghiệp đã được thành lập đạt thấp; đầu tư hạ tầng một số khu công nghiệp chậm, gây lãng phí nguồn tài nguyên đất đai (khu công nghiệp Du Long, dự án Đầu tư hạ tầng khu công nghiệp Phước Nam); một số dự án trong khu công nghiệp được cấp chứng nhận đầu tư tại vị trí chưa phù hợp quy hoạch ngành nghề được duyệt.
Thanh tra Chính phủ xác định những vi phạm trên thuộc trách nhiệm của UBND tỉnh, Sở Kế hoạch và Đầu tư, Sở Xây dựng, Sở Tài nguyên và Môi trường, Cục Thuế tỉnh, UBND các huyện, thành phố, UBND các xã, các tổ chức và đơn vị và cá nhân có liên quan.
Thanh tra Chính phủ kiến nghị thu hồi về ngân sách số tiền hơn 188,1 tỉ đồng. Cụ thể, thu hồi về ngân sách tỉnh khoản phải thu sau quyết toán dự án hoàn thành nhưng đến nay chưa thu hồi được, số tiền là 8,9 tỉ đồng; thu hồi số tiền 13,4 tỉ đồng do đã chi sai quy định tại các dự án Hồ chứa nước sông Than (11,028 tỉ đồng), dự án Vườn quốc gia Núi Chúa (604 triệu đồng); … thu hồi 138,3 tỉ đồng của các tổ chức, cá nhân nợ tiền cấp quyền khai thác khoáng sản; thu hồi 27,4 tỉ đồng đối với các tổ chức, cá nhân chưa thực hiện nghĩa vụ tài chính về đất đai…
