Công ty Bến Du Thuyền cho rằng các trình tự, thủ tục thực hiện của dự án BT đường Mai Xuân Thưởng được thực hiện theo đúng quy định của pháp luật hiện hành.
Cụ thể, từ 8.5.2014, UBND tỉnh Khánh Hòa (Bên A) ký hợp đồng BT Dự án đường Mai Xuân Thưởng với Công ty CP khách sạn Bến Du Thuyền (Bên B) về việc thực hiện dự án đầu tư xây dựng công trình nâng cấp, mở rộng đường Mai Xuân Thưởng, được thực hiện theo hình thức hợp đồng BT.
Ngày 30.12.2014, UBND tỉnh Khánh Hòa có văn bản (số 746), thông báo về giá đất, giá trị quyền sử dụng đất đối với các khu đất tại phường Vĩnh Hòa, Nha Trang khi giao cho Công ty thực hiện dự án Trung tâm bến du thuyền Hoàng Gia (dự án hoàn vốn khi thực hiện dự án Mở rộng đường Mai Xuân Thưởng theo hợp đồng BT).
Ngày 1.4.2015, UBND tỉnh Khánh Hòa ký hợp đồng chính thức với Công ty Bến Du Thuyền để thực hiện hợp đồng BT. Theo hợp đồng, nhằm hoàn trả vốn đầu tư dự án BT đường Mai Xuân Thưởng, UBND tỉnh Khánh Hòa giao cho Công ty Bến Du Thuyền thực hiện dự án Khu phức hợp công viên giải trí, Khách sạn căn hộ cao cấp và trung tâm thương mại, dịch vụ cho bến du thuyền và Khu đô thị phía bắc thành phố Nha Trang (còn gọi là Trung tâm Bến Du Thuyền Hoàng Gia) và dự án khác (cụ thể là Hợp phần 1 (Khu đô thị Vĩnh Hòa, Nha Trang), gồm Khu A: 5.965,5 m2; Khu B: 3.862,5 m2; Khu C: 18.043,9 m2; Khu D: 19.142,6 m2; Hợp phần 2 (Khu Bãi Dương, phường Vĩnh Hải và Vĩnh Hải, Nha Trang): 34 ha, trong đó có 3 ha bãi cát, 31 ha mặt nước (5,6 ha bãi san hô ngầm nằm trong mặt nước, trừ phần diện tích đã giao cho các nhà đầu tư khác). Tuy vậy, sau khi giao hoàn thành dự án BT đường Mai Xuân Thưởng, UBND tỉnh Khánh Hòa chỉ giao cho Công ty đất khu A và B cho Công ty Bến Du Thuyền thực hiện dự án Trung tâm bến du thuyền Hoàng Gia.
Giá trị quyết toán dự án BT nói trên được UBND tỉnh Khánh Hòa phê duyệt tại quyết định số 948 ngày 12.4.2016 là 45,6 tỉ đồng. Ngày 29.11.2017, Kiểm toán Nhà nước khu vực III kiểm toán tại Công ty, thống nhất hồ sơ quyết toán của dự án và đưa ra ý kiến về việc giảm trừ gần 560 triệu đồng cho dự án BT đường Mai Xuân Thưởng so với giá trị quyết toán của UBND tỉnh.