Bến thủy nội địa là công trình kết cấu hạ tầng đường thủy nội địa, có vùng đất và vùng nước trước bến để phương tiện neo đậu, xếp dỡ hàng hóa, đón trả khách và thực hiện dịch vụ hỗ trợ khác.
Hiện nay, trên địa bàn cả nước có 10.718 bến thủy nội địa, trong đó có 8.192 bến bốc xếp hàng hóa, 2.526 bến khách qua sông. Số bến được cấp phép hoạt động đạt khoảng 76,5%, còn lại là những bến chưa được cấp phép.
Hầu hết các bến thủy ở nước ta thường lợi dụng điều kiện tự nhiên của bờ sông để khai thác nên chi phí đầu tư thấp, việc trung chuyển hành khách và hàng hóa cũng thuận lợi hơn.
Tuy nhiên, số lượng bến đang khai thác chưa được cấp phép chiếm tỷ lệ cao, đã gây ra không ít hệ lụy do không được quản lý nên phương tiện ra vào, rời bến không được kiểm tra về điều kiện an toàn tại nơi xuất phát, khó kiểm soát hàng hóa làm thất thu phí, lệ phí và thuế nhà nước, tạo sự bất bình đẳng trong hoạt động kinh doanh với các bến được cấp phép và có quản lý.
Theo lãnh đạo Cục đường thủy nội địa Việt Nam, nguyên nhân chủ yếu dẫn đến tình trạng bến hoạt động chưa được cấp phép là do trước đây, công tác xây dựng, phê duyệt bến thủy nội địa của nhiều địa phương triển khai chậm. Ý thức chấp hành pháp luật của các chủ bến còn hạn chế, không thực hiện thủ tục đề nghị cấp giấy phép.
Bên cạnh đó, công tác kiểm tra, thanh tra chưa được thực hiện thường xuyên, xử phạt vi phạm chưa triệt để. Sự phối hợp giữa chính quyền địa phương và các cơ quan quản lý chuyên ngành chưa chặt chẽ dẫn đến nhiều chủ bến không thực hiện nghiêm các quy định pháp luật liên quan đến hoạt động bến thủy nội địa.
Ngoài ra, thủ tục cấp giấy phép bến thủy nội địa còn nhiều nội dung chưa phù hợp. Một số bến trước đây được cấp giấy phép với điều kiện về đất đai được UBND cấp xã hoặc cấp huyện cho thuê, sau khi thực hiện Luật đất đai năm 2013, quy định về thẩm quyền giải quyết thủ tục đất đai có thay đổi, nên khi làm lại hồ sơ đề nghị sử dụng đất cũng gặp nhiều khó khăn.
Cục Đường thủy nội địa Việt Nam cũng đề nghị UBND các tỉnh, thành phố chỉ đạo các đơn vị liên quan xem xét, tạo điều kiện cho tổ chức, cá nhân có nhu cầu khai thác bến thủy nội địa được giao đất, cho thuê đất để lập hồ sơ đề nghị cấp phép hoạt động.
Đối với những bến đang khai thác, kinh doanh vật liệu xây dựng, hàng hóa mà không đủ điều kiện cấp giấy phép hoạt động cần tổ chức giải tỏa, nhằm thiết lập thị trường kinh doanh lành mạnh, đảm bảo trật tự, an toàn.